在病虫害方面，多采用农业防治、物理防治和生物防治，很少采用化学防治。无论何种防治技术，减少农药使用量是生产有机果品的关键。在日本现有许多热衷于有机栽培的果农，在从事无农药或少农药的果树栽培研究，并取得了很好的效果。长野县果农中泽卓三采用有机生产技术，他每次的果园实施措施和方法都有详细的记录，通过JAS的有机食品检查程序确认，才能作为有机食品出售，和没有认证的普通苹果相比，他的苹果售价一个高出50日元。具体做法是：
1．选择抗病品种，施用生物有机肥，合理负载，科学修剪，增强树体的抗逆性。连年重施有机肥，重视施用生物肥，减少化肥使用量，生产有机食品已经成为日本多数果农的成功经验。在一些高端有机苹果园，园主们严格控制单株结果量，每棵树仅仅结果几十个，结果大，质量优，听说青森苹果在中国市场一个售价就是68元，有的高达五六百元，甚至在上海超市还有每个8000元德售价之说。由于结果量显著降低，树势强健，抗病虫害的能力大大增强，几乎看不到病虫为害。
2．细致清洁果园，铲除菌源。日本的果农每年冬季都要刮树老翘皮，对枯枝落叶深埋或烧毁处理。萌芽前对全园采用石硫合剂清园，减少病原菌的初侵染源和害虫的越冬基数。生长期更是经常摘除病叶病果，人工消灭害虫，防止病虫害的扩展和蔓延。防治腐烂病的方法还是传统的手法，即“刮刮皮，抹抹泥，包包塑料纸”的简单技术。
3．由于日本平均年降雨量高达1400毫米左右，夏秋季大雨，冬季大雪不断，一些高效果园和有机栽培的果园常通过抬高树干，搭设防雨棚隔离雨水，有效地降低果园湿度，抑制病害繁殖。在日本的樱桃园调研，几乎看到所有的果园都采用防雨棚，据说通过防雨棚的辅助设施可以有效降低早期霜冻危害。日本的苹果树主干比较高，大多数高达1.5米以上，主要原因是冬季积雪厚度高达70～80多厘米，甚至100多厘米，高干可以有效预防冻害的发生。在青森县工藤俊一的巨峰葡萄园调研发现，虽然已经是十月下旬，巨峰葡萄主蔓和侧蔓上已经缠上了厚厚的塑料布，开始预防冻害了。
4．迷向法控制害虫。在日本考察中发现，大多数苹果园的苹果树冠上不时见到红色、白色或绿色的复合PVC扎丝，打听才知道是有害昆虫性引诱剂。利用一些鳞翅目害虫的雌成虫性成熟时释放的性激素招引雄成虫的机理，通过安置众多的性引诱剂释放的扰乱昆虫的交配信息，减少其交配和繁殖的机会，从而大大降低了害虫的繁衍。日本的科技工作者很早就开始研制昆虫信息素了，据介绍，日本的生产的昆虫信息素多达40多种，性信息素的释放控制效果可达4个月以上，有效地控制了害虫的为害程度。
5．果实套袋。采用有袋栽培技术，可以大大降低病虫害，同时又可以显著减少农药残留，果实外观细腻，内在品质也明显提高。日本有一个苹果品种－陆奥，这个品种的苹果正常的成熟色泽是黄色的，而采用两次套袋后果实着色鲜红售价很高。
6．充分利用天敌，消灭害虫。有机栽培果园的农药使用量很少，再加上重施有机肥和地面生草，这些都给许多有益鸟兽和昆虫提供了良好的栖息环境，从而有效地控制了害虫的发生。
7．利用架设防虫网，使用粘着剂，以及树干涂白等，一些果园还采用了先进的物理光学、电磁防鸟防鼠防兽设置。这些物理的防治方法，大大抑制了病虫害和有害生物的滋生和危害。
8．只有在必要的情况下才配合使用少量农药，也就是在突发病虫害时才可适当使用日本生产的有机产品所允许使用的农药。