1.产地不同。
无公害食品主要起源于中国，“无公害”一词是从国外传入的，绿色食品起源于中国，有机食品、有机农业的发源地是欧洲。
2、标志不同。
无公害食品、绿色食品的标识都是独一无二的，有机食品在不同国家、不同认证机构的标识也不同。2005年4月1日，我国发布了《有机产品》国家标准，除认证机构标识外，在我国通过有机认证的产品包装上还必须加贴国家标识。
3.认证机构不同。
无公害食品由农业部和各省、市食用农产品安全生产体系办公室统一认证；绿色食品认证由中国绿色食品发展中心负责，负责全国范围内绿色食品的统一认证和最终认证审批，省、市、区绿色食品办公室协助认证；有机食品认证由获得有机认证的单位负责。
4、认证方式不同。
无公害食品认证以检验认证为主有机食品绿色食品，检测认证为辅；绿色食品认证以检测认证为主；有机食品认证由国家认监委监督有机食品绿色食品，由有资质的机构负责实施。
5.标准不同。
无公害食品禁止使用高毒、高残留农药，提倡使用低毒、低残留农药；绿色食品提倡减少使用常规农药和化肥；有机食品不能使用农药、化肥、食品添加剂和转基因物质。
