耕地土壤是由固体、空气和水分所组成，固体部分最主要来自其发育的岩石母体的原生和次生矿物颗粒以及来自于生物（动植物和微生物）活体和残体留下的有机质。
土壤有机质就是为作物生长发育提供养分的仓库。
有机质在土壤中的地位和数量，一定要保持一个相对稳定数才好。我国的土壤有机质含量，一般旱地为0.5%~3.0%，水田为1.5%~6.0%。因为有机质的分解和转化是在不断进行的。土壤有机质在消长过程中，土壤肥力也相应地随着不断改变。
耕地有机质本身就是养分的储藏库，同时深刻地影响土壤的物理、化学和生物学性质。假设某一土壤表土有机质含量4%，有机质氮含量5%，一季作物中有机质分解率2%，则土壤有机质供应之氮可达80kg/公顷，此供应量几乎可满足大部分作物之需求量，据估算，1%的土壤有机质相当于含有18公斤养分/亩。
土壤有机质还深刻影响水分的存储。一英亩大、一英寸厚、含2%有机质的土壤储水量可达12.1万升，含量5%和8%的土壤分别可储水30.3万和48.5万升。研究表明，土壤有机质从1%升到3%，土壤的保水能力增加6倍。
土壤有机质是土壤中各种大大小小生物的碳源和能源。丰富的有机质下，土壤中自然形成庞大的食物网，构建健康的生态系统，这个庞大的生态系统是土壤活力的来源，从养分转化直到病虫害控制，都起着极为重要的作用。据陈能场研究员介绍：在理想的土壤生态系统中，每平方米的土壤含脊椎动物1只、蜗牛和蛞蝓100只、锅虫和蚯蚓3000只，线虫500万只、原生动物100亿只、细菌和放线菌10万亿个。这些动物和微生物组成一个食物网金字塔，这些生物一年中生物量总和达400~470公斤/亩。
如果对照上述指标，就不难判断出，我国耕地质量是严重下降的，其中最重要的变化，在于以最高产为目的的现代农业耕作体系下，土壤状况已经和理想土壤越来越远，曾经是鱼米之乡的南方红壤耕地数平方米种不出几斤蔬菜来。人类大量合成化学肥料，提供给作物的是速效的无机物，但没有考虑到土壤中动物和微生物群落的需求，土壤微生物和动物群落失衡，造成大量病害和虫害出现。本来杂草是可以提供土壤有机质的，但除草剂杀死了杂草并杀死了土壤中的其他有益生物，使得天敌益虫、两栖爬行类和鸟类减少，只有依靠农药。大量抗生素、农药使用，虽暂时控制了庄稼的病虫害，然而食物链被污染了，大量因食物链污染造成的病人进入医院，造成了隐患矛盾加剧。
提高耕地有机质是有很多办法的，专家们提出了以下主要农业技术措施：
然而，上述办法还存在现实困难：
增加生物量就需要大化肥投入；秸秆还田如影响下茬作物种植，农民多不愿意采用；增加有机肥如果不能带来经济效益增加，不会有人干，除非有人买单；免耕办法在理论上成熟，但实践中推广面积不大，可见其技术本身有问题。耕地不是森林土壤，完全靠自然过程实现有机质增加，且乔木的根须发达，难不住它们。耕地上有作物，免耕容易发生土壤板结，作物根系扎不透影响产量。最好的办法是发展高效生态农业，只有收入高，农民就愿意增加耕地地力，就愿意多投入劳动。我们的有机质从0.7%经过10年左右的调整已经达到3.5%。
耕地有机质下降意味着减产，意味着不能生产优质的食物，意味着从源头制造病人。当前，农产品价格低迷造成从事农业的一线农民增产不增收，国家补贴农药、化肥、农膜、除草剂后，农资更便宜，很方便地替代了劳动力。大量优质劳动力进城打工，农村一线农业生产的人员由老人和妇女组成，他们没有能力也没有心思为城里人生产安全放心食品，毕竟为提高有机质，使用有机肥更增加了农业生产劳动强度。唯一的突破口是，城市觉醒的市民，向化学食物宣战，购买安全放心的生态食品，优质优价，尊重农民的劳动，使耕者有其利。只有这样，才能从源头少制造病人，变互害模式为互利模式，促进城乡真正和谐起来，人类文明才能够继续继承下去。